Goa ini berada di dusun Ngreco, dan Poyahan, Desa Seloharjo, Kecamatan Pundong. Gua Jepang merupakan peninggalan Perang Dunia II. Sebagai sarana pertahanan militer di zaman Jepang pada tahun 1942-1945, terutama setelah Jepang mempertahankan diri dari kedatangan sekutu di Indonesia .

Gua Jepang ini dibangun untuk memenuhi keperluan perang gerilya karena Jepang memperkirakan bahwa tentara sekutu akan datang melewati laut selatan dan mendarat di sekitar pantai Parangtritis. Di gua ini di temukan 18 bangunan bunker yang sebagian besar masih dalam keadaan utuh. Bentuk bunker tersebut beranekaragam, serta mempunyai fungsi yang berlainan pula, misalnya sebagai tempat pengintaian, ruang tembak, ruang pertemuan, gudang dan dapur. Ketebalan dinding rata-rata 50-70 cm , dari bahan beton bertulang, semen dan batu padas yang sudah tersedia di sekitarnya. Bunker-bunker tersebut dibangun saling berdekatan (30 m), serta dihubungkan dengan parit perlindungan yang berada di luar setinggi (1 m).